Государственное автономное учреждение города Москвы «Научно-исследовательский и проектный институт Градостроительного планирования города Москвы» создано в 2012 году в соответствии с распоряжением Правительства Москвы от 26 декабря 2012 года № 823-РП.

На основании распоряжения Правительства Российской Федерации от 12 февраля 2022 года № 235-р ГАУ «НИ и ПИ Градплан города Москвы» передано из собственности субъекта Российской Федерации — города федерального значения Москвы в федеральную собственность в ведомственное подчинение Министерства строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации.