С целью повышения качества градостроительных решений ФАУ «Единый институт пространственного планирования РФ» (ранее ГАУ «НИ и ПИ Градплан города Москвы») планомерно и успешно ведет научно-исследовательскую деятельность в сфере пространственного развития Российской Федерации, определения градостроительного потенциала территорий, формирования единой градостроительной политики, экономики градостроительства, социально-экономического развития, транспортного моделирования, инженерной инфраструктуры, оценки качества городской среды, оценки воздействия различных факторов хозяйственной деятельности на окружающую среду.
С 2017 года по 2021 год выполнен ряд научно-исследовательских работах и социологических исследований, результаты которых учтены в планах развития города Москвы, способствуют совершенствованию нормативно-методической базы градостроительного комплекса столицы и являются значительным вкладом в практическую составляющую градостроительной деятельности города Москвы.
С 2022 года ЕИПП РФ, став Научно-исследовательским и проектным институтом федерального значения, ежегодно выполняет научно-исследовательские работы. В рамках реализации Государственной программы «Научно-технологическое развитие» ЕИПП РФ в 2022–2025 годах провел 15 научно-исследовательских работ, ставших основой для формирования проектов нормативных правовых актов на федеральном и региональном уровнях, методических рекомендаций, способствующих совершенствованию градостроительной и архитектурной деятельности, формированию единого цифрового пространства для разработки градостроительной документации в Российской Федерации, внедрению балансовых методов управления в практику государственного регулирования, совершенствованию механизмов размещения и проектирования яхтенных марин, разработке методических рекомендаций по расчету инженерных нагрузок при градостроительном проектировании, и др.
Результаты научно-исследовательских работ носят прикладной характер и направлены на совершенствование градостроительной деятельности в Российской Федерации.